חיטוי מערכות מים הוא תהליך חיוני המיועד להבטיח את איכות המים ולמנוע התפתחות של חיידקים, פטריות ווירוסים במערכות המים השונות. באמצעות חיטוי נכון, ניתן להפסיק את התפשטות המחלות ולשפר את בריאות הציבור. מערכת מים לא מחוטאת יכולה להוות כר גידול עבור מגוון רחב של מיקרואורגניזמים המסכנים את הבריאות.
באופן כללי, חיטוי מערכות מים מתבצע בשיטות שונות, כגון שימוש בכימיקלים כמו כלור, חומצה פרוקסית או אוזון. כל שיטה מגיעה עם יתרונות וחסרונות משלה, והבחירה תלויה בצורך הספציפי של המערכת, בכמות המים שיש לחטא ובסוג המזהמים הפוטנציאליים. השימוש בכלור, למשל, הוא הנפוץ ביותר, אך יש לו גם חסרונות כמו יצירת תוצרי לוואי רעילים. אוזון, לעומת זאת, הוא חיטוי טבעי יותר אך יקר יותר ו דורש ציוד